한 회사의 주식을 50% 초과 보유한 주주 그룹을 과점주주라고 한다. 여기서는 그 그룹의 범위를 대충 가족관계라고 하자. 과점주주가 되면 그 회사의 자산을 이 과점주주가 취득한 것과 다를바 없다고 해서 취득세를 부과한다. 예를들어 회사가 건물을 사면 회사는 취득세를 낸다. 어떤 주주 그룹의 지분율이 60%였고, 회사가 건물을 취득후 10% 지분을 추가로 취득한 경우에 그 주주 그룹은 회사가 취득한 건물 가액에 대해 회사가 낸 취득세와 별도로 건물에 대해 계산되는 취득세의 10%를 내야 한다.

위의 예에서 60% 주주 그룹이 모든 주식을 다 팔고, 그 회사의 주주가 아니었다가 다시 60% 주식을 취득하면 과점주주 취득세는 어떻게 될지가 오늘 살펴볼 내용이다. 과점주주 였다가 과점주주가 아니었다가 다시 과점주주가 되면 그 이전 지분율 보다 증가한 부분에 대해서만 취득세를 낸다. 60%였던 주주가 50% 이하로 보유하다가 70% 지분율이 되면, 10% 상승한 지분율(60%->70%)에 대해서만 취득세를 내면 된다.

오늘 이슈와 관련된 규정의 일부를 살펴보자. 

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'과점주주이었던 자가 과점주주에 해당되지 아니하게 되었다가 다시 과점주주가 된 경우'

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쟁점은 '과점주주에 해당되지 아니하게 되었다가'라는 표현에 주주 지위에서 벗어난 경우도 포함하느냐 이다. 세무서는 주주가 아닌 경우는 위 표현에 포함되지 않는다고 봤고, 다시 취득한 60% 전체에 대해 취득세를 내야 한다고 했다.

이 논쟁에서 세법이 한번 바뀐 부분이 중요하다. 위에서 소개한 규정은 과거 '과점주주이었던 자가 주식 또는 지분의 양도, 당해 법인의 증가 기타 사유로 인하여 과점주주에 해당되지 아니하는 주주 또는 유한책임사원이 된 자' 라고 되어있었다. 분명히 이때는 '과점주주가 아닌 주주' 라고 표현했으니, 아예 주주 지위에서 벗어났다가 과점주주가 될 경우에는 다시 취득한 전체 지분에 대해 취득세를 내는게 맞다. 그러나 세법이 개정된 부분을 고려하면 주주 지위를 벗어났다가 다시 과점주주가 된 경우에는 증가한 지분율만큼만 취득세를 내는게 맞다는게 심판원의 입장이었다.

<조심2016지0860, 2016.12.28>