지금 세금헤택 중에서 거의 최고로 꼽을 수 있는게 '연구인력개발비 세액공제'다. 여기서 조건은 다루지 않고, 단순하게 연구원에게 지급한 급여의 25%정도를 세액공제 받을 수 있다는 정도의 소개만 하고 넘어간다. 연봉이 5천만원정도 되는 연구원 10명이 있으면, 125백만원이 세액공제 된다. 게다가 다른 세금 혜택과 중복 적용도 된다. 음식점에서 조차 중복할인 안되는거랑 비교해도 대단한 헤택이다.

연구인력개발비 중 가장 흔히 접하는건 기업부설연구소(인증받은)에서 전담으로 연구하는 직원의 인건비다. 기업부설연구소 인증을 받고, 별도의 공간을 마련해 그 안에서 실제로 연구행위가 있어야 한다. 이 사건 당사자인 한 회사가 15명의 연구원에 대해 세액공제를 받았고, 세무조사시 이 부분이 문제가 됐다.

세무서는 'R&D센터'라는 별도의 방은 있지만, 다른 부서와 달리 컴퓨터 등 전산장비가 없고, 근무하는 직원도 없었다고 했다. 회사 조직도에도 기업부설연구소와 타부서에 그 15명이 동시에 기재되어 있었다고 한다. 인사 발령문, 직원관리 문서에 그 직원들은 기업부설연구소가 아니라 타부서에 소속된 것으로 기재되어 있고, 그 사업부는 연구 업무가 아닌 컨설팅,유지보수 업부를 수행한다고 했다. 또한 그 직원들은 타부서에 소속되어 연구개발활동에만 전념하지 않았다고 진술했다.

반면 회사는 타부서와 기업부설연구소는 유기체적인 밀접한 업무관련성이 있다고 했다. 그래서 솔루션 개발자로서 기존 시스템의 장애접수, 기능개선 및 기능추가 요구에 대한 접수 업무를 수행했다고 주장했다. 타부서 소속으로 된 이유는 우선 현업부서에서 업무를 시작한 후 연구소로 차출하는 인사규정에 있다고 했다.

심판원은 주로 세무서의 주장을 받아들이고, 그 직원들이 연구개발을 전담했다는 주장을 입증할 자료가 없음을 이유로 세무서의 손을 들어줬다.

<조심2016서3201, 2016.10.28>