보통 아파트, 빌라와 같은 공동주택은 토지와 건물을 당연히 같이 매매한다. 쉽게 단독주택을 보면 땅과 집을 분리하기가 눈으로 봐도 가능해보인다. 땅만 팔거나, 집만 팔수도 있고, 같이 팔수도 있다. 양도소득세는 오래 보유한 토지,건물에 장기보유특별공제 라는 공제항목이 있다. 그간의 인플레이션을 차감해준다고 보면 된다.

예를 들어 토지는 산지 10년 됐고, 건물은 지은지 3년 됐다. 총 매매가액은 10억이고, 토지는 3억, 건물은 2억에 취득했다. 이 매매건에서 총 차익은 5억이다. 이 차익이 토지쪽에 많으면 장기보유특별공제가 많이 된다. 그래서 그냥 총 매매가액 10억 중 토지가 8억이고, 건물이 2억이라고 임의로 나눴다고 해보자. 토지의 차익 5억(전체 매매차익도 5억) 에 장기보유특별공제 30%가 적용되면, 3.5억에 대해서만 양도소득세를 내면 된다.

이에 대해 법에 규정이 없으면 같은 이익에 대해 신고하는 사람에 따라 세금 부담이 달라진다. 그래서 토지와 건물을 함께 매매하는 경우 정확한 근거가 없으면, 기준시가로 안분하라고 되어있다. 위의 예에서 토지와 건물의 기준시가 비율이 50:50 이라고 해보자. 총 매매가액 10억중 5억은 토지, 나머지 5억은 건물 매매가액이 된다. 토지의 양도차익은 2억, 건물의 양도차익은 3억이 된다. 토지 장기보유특별공제는 0.6억이 되고, 건물은 0.3억이 되어 4.1억에 대해 양도소득세를 내야 한다. 위에서 임의로 매매가액을 나눴을때 3.5억에 대해서만 세금을 내는 상황과 분명 차이가 있다.

근거가 있다고 해도 그 근거에 의해 건물과 토지 매매가액을 나눴을때와 기준시가로 안분한 가액이 30%이상 차이가 있으면 그 구분은 가액 구분이 불분명한걸로 봐서 인정이 안된다. 위의 예는 그 차이가 60%로 납세자가 구분한 가액은 인정이 안된다.