건물을 지을때 시행사, 시공사 라는 개념이 나온다. 시행사는 건물 공사 사업을 추진하는 회사이고, 시공사는 실제 건물을 공사하는 회사이다. 단순하게 시공사는 공사를 해서 공사대금을 시행사에게 받으면 되고, 시행사는 분양을 해서 수분양자(분양받은 사람) 에게 분양대금을 받아 시공사에 공사대금을 주고 남는걸 갖는 구조이다.

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여기에 보통 신탁회사가 낀다. 시행사가 경험이 부족하거나 분양이 잘 안된 경우 신탁회사에 신탁하여 사업을 진행한다. 신탁회사에서 벌어들인 돈은 대부분 1순위 수익자인 은행에게 배분되고, 남으면 나머지 순위로 배분된다. 예를들어 신탁회사가 사업을 진행해서 100억을 벌었는데, 대출원금과 이자가 100억을 넘어 벌어들인 전부가 은행에 배분되고 끝날 수도 있다.​ 이런 경우 부동산 공급에 대한 부가가치세의 납세의무자는 은행이 된다. 그렇지 않다면, 시행사는 돈한푼 못벌고 부가가치세를 내야하는 이상한 일이 벌어진다.

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오늘 살펴볼 사건은 이런 타익신탁 관련된 내용이다. 이 사건에서는 상당 부분 미분양이 되어, 미분양분을 시행사로부터 시공사가 처리 권한을 넘겨받아 신탁회사에 신탁하여 사업을 마무리 했다. 1순위 수익자는 은행, 2순위는 시공사이다. 문제는 수분양자들이 시공사를 상대로 '매입자발행세금계산서'를 신청했다는 것이다. 이런 이유로 과세관청에서는 시공사에 부가가치세를 부과했고, 시공사는 이에 대해 부당함을 주장한다.

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쟁점은 시공사가 미분양된 부동산의 소유권 또는 실질적 통제권을 ​시행사로부터 이전 받았느냐 이다. 우리 세법에서는 등기와 관계없이 실질적으로 소유권이 이전된 경우 양도로 본다. 시공사가 담보신탁계약을 하기 전에 시행사와 사업정산에 대한 합의서를 작성했는데, 내용 중 모든 권리 및 부채를 시공사가 인수하기로 합의한 점으로 보아 시공사에게 사실상 소유권이 이전된 후 분양된 것으로 봤다. 추가로 수분양자들이 시공사의 주도하에 분양이 이루어졌다는 진술을 덧붙였다.

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시공사가 미분양된 부동산 공급에 대한 납세의무자가 아니라는 결론이 났다. 공사를 진행한데 대한 공사대금채권자로 봤다. 즉, 시공사가 소유권 또는 실질적 통제권을 이전 받았다고 볼 수 없다는 것이다. 과연 그 사업정산에 대한 합의서가 소유권을 이전하는 수준으로 작성된 것인지를 다음과 같이 자세히 따져 결정했다.

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-담보신탁등기를 시공사가 정하고, 시행사는 위탁자와 수익자로서의 일체 지위 및 권리를 ​양도한다고 약정하였으나, 단서로 양도시기는 시공사가 정할 수 있다고 되어 합의서 체결 당시 양도시기가 확정되지 않은점

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-부동산담보신탁계약상 위탁자는 시공사가 아닌 시행사인 점

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-시행사 명의로 등기 된 후 신탁을 원인으로 신탁회사에 소유권 이전등기 후 수분양자에게 이전등기 되어 시공사 명의로 이전등기 되지 않은 점

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-사업정산합의서에 미분양 물건의 분양에 대한 부가가치세 납세의무는 시행사에 있다는 것을 약정한 점

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-미분양 물건 처분과 관련된 계약보증금 및 중도금은 금융기관에 예치하되 그 운용방법은 시행사가 정하기로 약정한 점

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-시공사가 미분양 물건을 처분하려면 대리은행의 동의를 받아야 하고, 시행사가 처분하려면 시공사 및 1순위 수익자인 은행의 사전 동의를 받아야 하고, 시공사는 1순위 수익자의 의사결정에 반하는 일체 행위를 할 수 없도록 약정되어 있는 점

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-공사에 대한 도급계약서의 모든 권리와 책임 및 채권채무관계는 정산된 것으로 약정한 점

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<조심2012중4983, 2015.9.17>​